Noha az intézmény megnyitása előtt hazánkban nem működött mai értelemben vett állatkert, vadállattartás és vadgazdálkodás Európa többi országaihoz hasonlóan már évszázadokkal korábban ismert volt Magyarországon. Az elsősorban vadászati céllal létrehozott királyi és főúri vadaskertek a középkortól kezdve virágoztak. Uralkodóink közül pédául IV. Béla királynak Zólyom mellett, I. Lajos számára a diósgyőri vár közelében létesítettek vadaskertet. Mátyás Buda, Visegrád és Tata környékén tartott fenn hasonlót, még a törökök is vadásztak itt. De okleveleinkből tudjuk, hogy Veszprém környékén királynéi vadaskert is működött, több középkori oklevél és Királyi Könyvi bejegyzés tanúskodik a csepelyi és szentgáli királynéi vadászok jogairól és kiváltságairól.

Az Állatkert főbejáratának egyik tervváltozata, feltehetően Gerster Kálmán munkája
Tervtár – Vegyes tervrajzok (T 15) – No. 18/a-102

A vadaskertekben legnagyobb számban hazai vadfajok (fácánok, foglyok, szarvasok, őzek) éltek, bár ritka állatok tartását is feljegyezték. A legtöbb különleges állattal valószínűleg Mátyás rendelkezett: két oroszlán mellett egzotikus madarak is sétáltak, illetve repkedtek a budai palota kertjében.

Noha egy magyarországi nyilvános állatkert alapításának gondolata már a reformkorban felvetődött., komolyabban 1859-ben került napirendre az ügy. Az állatkert felállításával kapcsolatosan főként  Xántus János zoológus, Szabó József geológus, Kubinyi Ágoston, a Magyar Nemzeti Múzeum igazgatója és Gerenday József, a Füvészkert igazgatója nevét kell megemlítenünk.

Az elképzelést a Magyar Tudományos Akadémia is támogatta, majd 1864-ben, a Magyar Királyi Kancellária jóváhagyásával megalakulhatott az „Állatkerti Részvénytársulat". Pest szabad királyi város a főpolgármester, Kászonyi József közbenjárására a „Városerdő" -ből 31 holdat jelölt ki harmincévi használatra, évi egy arany jelképes bérleti díj fejében állatkert létesítésére.

Az Állatkert alpszabályzatának beterjesztett tervezete, a kékkel írt módosításokat a Kancellária készítette
Abszolutizmuskori levéltár – Magyar Királyi Kancellária – Általános iratok (D 189) – 1865:2653

A park terveit Pertz Ármin városi főkertész készítette, az épületek megtervezésére pedig Szkelnitzky Antalt és ifj. Koch Henriket kérték fel. Reitter Ferenc városi mérnök vezetésével készült el a 900 m²-es Nagy-tó, és ekkor fúrták a tavat tápláló kutat is.

Az építkezésre jórészt  1866-ban került sor, ekkor vásárolták az állatok nagy részét is. Az állatok külföldről történő beszerzéséhez megint csak a Helytartótanács és a Kancellária engedélye kellett az egészségügyi okokból a határokon felállított karantén miatt. Az igazgatói tisztséget az alapítás után Leopold Fitzinger müncheni zoológusra bízták, de még a megnyitás előtt Xántus Jánost nevezték ki  igazgatónak. Az Állatkert megnyitására 1866. augusztus 9-én került sor.