A Magyar Királyság 16–17. századi egyháztörténetének alapvető eleme volt a reformáció 16. század eleji kibontakozása, majd a 16. század utolsó harmadára szinte teljes mértékűnek tekinthető térnyerése. Ekkorra részben az oszmán hódítás, részben a reformáció elterjedése során jelentős veszteség érte a katolikus egyház szerzetesrendjeit, illetve a közép- és alsópapságot. A 16. századi nemesség és a szabad királyi városok nagyobb része a reformáció valamely irányzatát választotta, amely a nemesség képviselőin és a városi polgárságon túl a nemesség birtokain élők felekezetválasztását jelentős mértékben befolyásolta. Pázmány Péter a 16–17. század fordulóján sorra került ellenreformációval terhelt egyházpolitikai légkörben kezdte el működését. Írásai és prédikációi új stílust teremtettek, melyben a meggyőzés eszközét használta új hívek toborzására, a katolikus egyház megújulásának előrelendítésére.

E 152 – Magyar Kamara Archivuma – Acta Jesuitica – Regestrata – Collegium Tyrnaviense – Fasc. 8. No. 26.

A jezsuita rend leghatékonyabb módszereit vette igénybe ahhoz, hogy a katolikus egyház híveinek számát tovább növelje. Érsekként olyan papképző intézeteket hozott létre, ahonnan jól képzett, a tridentinum szellemében működő papságot lehetett a Magyar Királyság, valamint az oszmánok fennhatósága alatt álló hódoltsági területek lakossága számára kibocsájtani. 1619-ben Pázmány Nagyszombatban az ifjúság számára nevelőintézetet és papneveldét alapított, majd 1623-ban a bécsi egyetem magyarországi hallgatói számára előbb az Annagassén, majd a Postgassén házat vásárolt, illetve a működés költségére több mint 150.000 forint tőkeösszegű alapítványt hozott létre. Joggal írhatta tehát már 1620-ban önmagáról: „Állítom, hogy ... jövedelmeimnek egy harmadát sem fordítottam saját személyemre, kétharmadánál sokkal többet szenteltem papnevelő intézetek, kollégiumok és szegényápoló házak alapítására." A papnevelés legfontosabb intézményévé ekkor kétségtelenül a mai Eötvös Loránd Tudományegyetem elődintézménye vált. Az egyetem alapításának (1635. május 12.) közvetlen előzménye az Oláh Miklós esztergomi érsek által 1566-ban létrehozott nagyszombati szeminárium átszervezése volt (1630/31). Pázmány először az intézet anyagi alapjairól gondoskodott, megszerezve a királytól a budafelhévizi prépostság jövedelmeit a szeminárium céljaira, majd saját jövedelmeiből házat vásárolt a papnevelő számára. 1630. november 22-én kelt levelében így írt a királyhoz: „Oly nagy a szükség papokban, hogy ha még egyszer annyival rendelkeznénk, mint amennyivel bírunk, az sem lenne elég. Én ugyan telhetőleg számos ifjakat nevelek az egyházi pályára, de a szükség nagysága erőimet felülmúlja."
Az egyházi értelmiség nevelésén túl a világi ifjúság nevelését szolgálta a szintén Nagyszombaton létrehozott nemesi konviktus is. Pázmány az egyetemen tanulók számára további 100.000 magyar forint összeget hagyott alapítványként. Az ebből befolyó összegből ezer forintot a szegénysorsú diákok támogatására kellett fordítani. Az anyagi alapok megteremtésén túl Pázmány számára a legfontosabb kérdés a megfelelő oktatási rend kiválasztása volt. Erre a legalkalmasabbnak a jezsuiták által kidolgozott oktatási-nevelési rendszer bizonyult. Az oktatási rendszer alapokmánya, a Ratio Studiorum (1599) Európa-szerte egységes tantervet nyújtott, ami egyben a helyi követelményekhez, körülményekhez is képes volt alkalmazkodni. A rendszer nem csupán a katolikus, de a reformált hitvallásúak elismerését is kiváltotta a korszakban. Az így jellegzetesen jezsuita egyetem eleinte bölcsészeti és teológiai karból állott, jogosult volt a tudományos fokozatok adományozására, és már igen korán, 1667-ben jogi karral egészült ki. 1769-ben megalakult negyedik, azaz orvosi fakultása, és ezzel teljes szerkezetű klasszikus egyetemmé vált. A jezsuita rend feloszlatása után, az alapító eredeti szándékával is egyezően 1777-ben az egyetemet Budára, majd 1784-ben Pestre költöztették, és itt nyert végleges elhelyezést.

Pázmány Péter aláírása és pecsétje