Az ostrom első három hete viszonylagos nyugalomban telt a levéltárban, a várbeli kormányzati épületekkel és lakóházakkal ellentétben a Bécsi kapu téri palotát egyetlen bombatalálat sem érte. A biztonsági fotókat már korábban átszállították a Nemzeti Múzeumba, ezzel csökkentve az esélyét annak, hogy egy esetleges katasztrófa bekövetkeztekor az eredeti iratokkal együtt őrizve azok is megsemmisüljenek. A legfontosabb anyagokat levitték a két alagsori raktárban kialakított óvóhelyre, ahová több dolgozó beköltözött a családjával együtt. A várbeli katonai parancsnok mentesítette az intézményt a beszállásolások alól, hogy ennek a mentességnek érvényt tudjanak szerezni egy csendőrosztagot is kirendeltek. Január 18-án azonban az egyik óvóhelyet mégis át kellett adni, és ettől fogva az mint a budai német csapatok főkötözőhelye, később mint tábori kórháza üzemelt, melyben egyidejűleg nagyjából 400 sebesültet láttak el. Az épület körüli forgalom jelentős megnövekedése természetesen a támadó csapatok figyelmét sem kerülte el.

 R 279 – 1526 utáni gyűjtemény – Jánossy Dénes irathagyatéka – 6. tétel

A szovjet tüzérségi támadás következtében január 25-én reggel a keleti szárny harmadik emeleti raktára tűztengerré változott, gyakorlatilag megközelíteni sem lehetett. A födém beszakadása miatt tűz ütött ki az alatta levő második emeleti raktárba is. Félő volt, hogy ez továbbterjed a munkaszobákra, valamint a liftakna olajozott láncai mentén az alsóbb szintekre. A vízszolgáltatás ekkor már több mint egy hete szünetelt, ilyen körülmények között oltásra gondolni sem lehettet. A levéltári dolgozók a segítségükre siető katonákkal, rendőrökkel, munkaszolgálatosokkal együtt a tűz lokalizálására törekedtek. Mivel mást nem tehettek, a harmadik emeleti raktárat hagyták teljesen kiégni. A közeli munkaszobákat kiürítették, a liftkabint, mely tüzet fogott, szétverték, a liftaknában keletkezett tüzet elfojtották. A második emeleti raktárban a tűz közeléből elpakolták az iratokat, majd víz hiányában homokot és havat használtak az oltáshoz.

Másnap sikerült csak bejutni a felső raktárba, ekkor megállapították, hogy a tűzvészt egy, a pesti oldalról kilőtt gyújtólövedék okozta, amely a terem közepe táján hatolt be, egy oszlopon irányt változtatott, majd a padozaton robbant fel, átszakítva a födémet. Az iratanyagban keletkezett károkat ekkor még csak megbecsülni lehetett, ma már tudjuk, összesen 3100 polcfolyóméternyi levéltári anyag semmisült meg.

R 279 – 1526 utáni gyűjtemény – Jánossy Dénes irathagyatéka – 6. tétel

Az Országos Levéltár történetének legválságosabb napjait élte: a raktárakban még izzott a parázs, a közműszolgáltatás összeomlott, az élelem fogytán volt, tüzelő hiányában az épület bútorzatát kellett felaprítani, az alagsorban sebesült katonák százai és temetetlen a halottak feküdtek. Az épületben tartózkodó levéltárosok, élükön Jánossy Dénes főigazgatóval a körülményeken felülemelkedve, erős hivatástudatról tanúbizonyságot téve mégis fontosnak tartották, hogy írásban is megörökítsék az eseményeket. 1945. január 28-án készítették az itt közreadott jegyzőkönyvet a tűzvészről.

A homlokzatra még aznap kikerült a fehér zászló. Az első szovjet járőr délután három órakor érkezett a Bécsi kapu térre a mai Táncsics Mihály utca irányából.