A Magyar Nemzeti Levéltár Hajdú-Bihar Megyei Levéltár illetékességi és gyűjtőkörébe Hajdú-Bihar megye tartozik; azon belül a debreceni részlegekhez a Berettyóújfalui, Debreceni, Derecskei, Hajdúszoboszlói, Nyíradonyi, Püspökladányi járások és azok települései tartoznak, míg Hajdúböszörményi Fióklevéltárhoz a Balmazújvárosi, Hajdúböszörményi, Hajdúhadházi, Hajdúnánási járások és azok települései.

A Központi Kutató őrzi Debrecen város közigazgatási, törvényszéki, testületi, egyesületi, oktatási és intézményi iratait a kezdetektől napjainkig, a vállalatok és szövetkezetek iratanyagát, a pártarchívumot és a gyűjteményeket. A Kossuth utcai Kutató őrzi Bihar és Hajdú vármegyék és Hajdú-Bihar megye közigazgatási, törvényszéki, testületi, járási, települési (kivéve a Fióklevéltárban őrzötteket), bizottsági, egyesületi, oktatási és intézményi iratait a kezdetektől napjainkig, államigazgatási és igazságszolgáltatási iratanyagokat, családok és személyek iratait.

A Fióklevéltár a begyűjtött iratanyagot feldolgozza, kutathatóvá teszi és segédletekkel látja el, azonban őrzése – hely hiányában – csak a következő iratanyagoknak történik helyben (a többit a fentebb felsorolt munkálatok elvégzése után átadja a debreceni részlegeknek):

- a Hajdúkerület iratanyaga a kezdetektől 1876-ig;

- Hajdúböszörmény, Hajdúnánás, Hajdúdorog, Polgár nagyhajdú városok iratanyaga kezdetektől napjainkig;

- Görbeháza, Folyás, Tiszagyulaháza, Újtikos települések iratai kezdetektől napjainkig;

- Bihar és Hajdú vármegyék, Debrecen város egyházi anyakönyvi másodpéldányait;

- Bihar és Hajdú vármegyék, Hajdú-Bihar megye, Debrecen város állami anyakönyvi másodpéldányait és a hozzájuk tartozó UB-ket.